Las municipalidades son pequeños gobiernos que se encargan de los asuntos de cada cantón. Tienen capacidad de decidir su forma de organizarse, sobre el dinero que poseen y en qué gastarlo, y administran los bienes y servicios que existen dentro de su territorio. Es decir, las municipalidades son instituciones estatales que tienen autonomía política, administrativa y financiera. El presupuesto con que trabajan se financia principalmente con el cobro de los servicios que brindan a la comunidad tales como la recolección de basura, los permisos de funcionamiento de los negocios y los impuestos territoriales.

Las municipalidades son administradas por un gobierno local en el que sobresalen dos figuras: el alcalde o alcaldesa y el concejo municipal. El alcalde es como un presidente a pequeña escala, y entre sus responsabilidades está presentar un programa de trabajo basado en un diagnóstico de la realidad del cantón. Los concejos municipales tienen funciones similares a las de la Asamblea Legislativa, pero a nivel local, y se encargan de votar sobre aspectos como el presupuesto municipal. Sus miembros son los regidores y regidoras.

También hay dos vicealcaldes, cuya responsabilidad es sustituir al alcalde propietario. El período de gobierno de estos funcionarios es de cuatro años y pueden ser reelectos en períodos sucesivos de manera indefinida. Además de las autoridades mencionadas, existen los síndicos municipales, quienes representan los intereses de los distritos y barrios del cantón.